bitFlyer fue fundado en 2014 por Yuzo Kano, un antiguo operador de derivados y bonos de Goldman Sachs. El intercambio de criptomonedas de bitFlyer se lanzó en abril de 2014, unos meses antes de que el intercambio de bitcoin Mt. Gox, que solía ser dominante en el mercado, cerrara sus puertas. En 2018, el intercambio dejó de aceptar nuevos clientes después de que los reguladores japoneses acusaron a la empresa de no tomar medidas para detener el lavado de dinero y financiamiento del terrorismo. Los reguladores afirmaron que la mayoría de los directores eran amigos del CEO Yuzo Kano, un antiguo operador de Goldman Sachs. bitFlyer se expandió internacionalmente a Estados Unidos en noviembre de 2017 y a Europa en enero de 2018. Para 2018, la empresa estaba procesando el 80 por ciento de las transacciones de bitcoin en Japón y había crecido hasta tener 150 empleados. Ese mismo año, bitFlyer fue uno de los seis intercambios ordenados a mejorar sus procedimientos contra el lavado de dinero, lo que llevó a bitFlyer a suspender temporalmente sus servicios mientras implementaba nuevos sistemas.