bitFlyer è stata fondata nel 2014 da Yuzo Kano, ex trader di derivati ​​e obbligazioni presso Goldman Sachs. La piattaforma di scambio di criptovalute di bitFlyer è stata lanciata nell'aprile 2014, alcuni mesi prima che l'ex dominante scambio di bitcoin Mt. Gox chiudesse. Nel 2018, l'exchange ha smesso di accettare nuovi clienti dopo che le autorità giapponesi hanno accusato l'exchange di non prendere misure per fermare il riciclaggio di denaro e il finanziamento del terrorismo. I regolatori hanno affermato che la maggior parte dei direttori era amica del CEO Yuzo Kano, ex trader di Goldman Sachs.
bitFlyer si è espansa a livello internazionale negli Stati Uniti nel novembre 2017 e in Europa nel gennaio 2018. Nel 2018, l'azienda gestiva l'80% delle transazioni di bitcoin in Giappone e contava 150 dipendenti. Nel 2018, bitFlyer è stata una delle sei piattaforme di scambio a cui è stato ordinato di migliorare le proprie procedure contro il riciclaggio di denaro, determinando la sospensione temporanea dei servizi di bitFlyer mentre implementava nuovi sistemi.